PCRBIO DNA Markers

PCRBIO Ladder I – IV は、アガロースゲル電気泳動を使用してサイズ決定と DNA 定量を容易に行えるように設計されています。

ラダーは室温で安定しており、すぐにゲルにロードできます。これらは広範囲 (50 bp ～ 10 kb) をカバーしており、簡単な移動観察のためのローディング色素が含まれています。

アプリケーション

アガロースゲル電気泳動。

PCRBIO DNA Markers とは？

PCRBIO Ladder I – IV は、プラスミド制限消化フラグメントと PCR 増幅産物の組み合わせを使用して製造されます。ラダーはサンプルバッファーに再懸濁され、すぐにゲルをロードできるようになります。バッファー配合により、従来の DNA ラダーに比べて室温での安定性が向上します。

最適なラダー荷重

すべての色素およびアガロース濃度で明確で一貫した結果を得るには、未希釈のラダー (5 ～ 10 μL) の使用が推奨されます。ただし、GelRed 染色および GelRed Loading Buffer を使用する場合は、1:10 希釈ラダー 5 ～ 10 μL をロードすることで最も正確な結果が得られます。

ゲルにロードするラダーの量を増やすと、同じ分子量のラダー バンドの移動が変わります。これは、一部の色素 (GelRed Loading Buffer など) では他の色素よりも顕著です。したがって、異なる量の DNA ラダーと比較して推定される DNA ターゲットの見かけの分子量を比較する場合には注意が必要です。

最適なアガロース濃度

Ladder I および II：アガロース濃度が 1.5% 以下のゲルでの使用に最適です。この濃度を超えてこれらのラダーを実行すると、より高い分子量のバンドの分離が妨げられるため、お勧めできません。

Ladder III および IV：1.5% 以上のアガロースゲルでよく分離します。

Ladder III は、10 μL の希釈ラダーを GelRed 色素で使用する場合、または 10 μL の未希釈ラダーを Midori Green Advance 染色で使用する場合を除き、1.5% アガロースゲルでは 500 bp 未満では分解されません。このラダーは高分解能のアプリケーションに最適で、1500 bp 未満の詳細なバンド分離が必要な場合にのみ使用し、理想的には 2～2.5% アガロース ゲルで実行する必要があります。低分子量フラグメントの最適な分離には、より長い実行時間が必要です。

Ladder IV は、すべての条件にわたって十分に分離されたバンドを示しましたが、2% アガロースと GelRed 染色で最もよくパフォーマンスを示しました。このラダーは 1.5% でも良好に分離し、低分子量 (<1500 bp) バンドの基本的なサイズ推定を必要とするほとんどのアプリケーションに推奨されます。非常に正確なフラグメント サイズの推定が必要ない場合は、Ladder III の良い代替手段となります。

最適なゲル染色色素

GelRed Prestain Loading Buffer は、すべてのゲル濃度とロードされたラダーの量にわたって、シグナルと分解能の最適なバランスを提供しましたが、DNA 濃度依存の実行により、対象のフラグメントの実際のサイズに疑問が生じる可能性があります。

GelRed 核酸染色は、希釈したラダーを使用した場合にうまく機能し、異なるゲル濃度にわたって良好なバンド分解能と均一な強度を実現しました。そのため、PCRBIO DNA マーカーで使用するにはおそらく最適なオプションであり、ゲルあたり少量の染料しか必要ないため、コスト効率も優れています。

SYBR、EcoDye、Middle Green 色素はすべて、未希釈のラダーを使用すると良好な結果が得られますが、推奨されるアガロース濃度でさまざまなラダーを実行する場合は注意が必要です (上記の点を参照)。また、GelRed 染料の場合よりも実行時間が長くなるとバンドの強度が低下することにも注意してください。

エチジウムブロマイドなどの他の標準的なゲル染色色素も使用できます。これらについてはメーカーの指示に従い、未希釈および 1:10 希釈 (付属の 6x サンプルローディングバッファー A で) ラダーの両方 5 および 10 μL を実行して PCRBIO Ladder をテストし、上記以外の色素での最適なローディング条件を確認することをお勧めします。

参考データ：50 bp から 10 kb までの広範囲をカバー

50 bp から 10 kb までの広範囲をカバーする、すぐに使用できる室温安定の DNA ラダーです。

FAQs

PCRBIO Ladder は室温で安定していますか？
ラダーはサンプル バッファーにすでに懸濁されており、ゲルにロードする準備ができています。バッファー配合により、従来の DNA ラダーに比べて室温での安定性が向上します。PCR Biosystems 社のラダーは、市場で最高の安定性に匹敵するか、それを上回ります。

PCRBIO Ladder の推奨アプリケーションは何ですか？
PCRBIO Ladder は、アガロース電気泳動を使用したサイズの決定と DNA 定量化のために設計されています。

PCRBIO Ladder のサイズはどのくらいですか？
PCRBIO Ladder I：100 – 10,000 bp／PCRBIO Ladder II：250 – 10,000 bp／PCRBIO Ladder III：50 – 1,500 bp／PCRBIO Ladder IV：100 – 1,500 bp

E-Gel プレキャスト アガロース電気泳動システムで PCRBIO ラダーが拡散して見えるのはなぜですか？これを修正するにはどうすればよいですか？
プレキャスト アガロース システムは便利ですが、解像度にはある程度の妥協が必要です。これらのシステムでは、ラダーの解像度ははるかに低くなります。これは主に、電圧とゲル自体の制御が限られているためです。部分的な解決策としては、負荷を減らしてラダーができるだけ遠くまで伸びるようにします。それでも品質が不十分な場合は、より従来型のタンクとキャストしたてのゲルを使用することをお勧めします。